Cátedra Simón Bolívar en e-Ciencia

Iniciativas de e-Ciencia en Venezuela

2007-04-16T10:22:00.000-04:00

El trabajo "e-Science initiatives in Venezuela" se presentó en la Spanish Conference on e-Science Grid Computing , la cual se llevó a cabo en el CIEMAT (Centro de Investigaciones Energéticas, Medio Ambientales y Tecnológicas), Madrid, España, los días 1-2 de marzo 2007. Este trabajo tiene como autores a Juan Luis Chaves, Gilberto Díaz, Vanessa Hamar, Raúl Isea, Freddy Rojas, Nicolás Ruiz, Rodrigo J. Torréns Heeren y M. Uzcátegui del Centro Nacional de Cálculo Científico de la Universidad de Los Andes (CeCalCULA), Julio Flores López y Herbert Hoeger de la Facultad de Ingeniería de la ULA y CeCalCULA, Luis Núnez de la Facultad de de Ciencias de la ULA y CeCalCULA y Claudio Mendoza (IVIC, CeCalCULA y Cátedra Simón Bolívar).

Física atómica computacional en el ambiente de e-Ciencia

2007-04-16T10:05:00.000-04:00

Claudio Mendoza fue invitado a presentar la charla "Computational atomic physics in the e-Science environment" en la XVI Conferencia Nacional de Física Atómica y Molecular que se llevó a cabo en Mumbai, India, durante los días 8-11 de enero 2007. Su participación fue financianada por la Cátedrá Simón Bolívar, Fundación Empresas Polar y el IVIC.

Curso sobre Interacciones Huésped-Parásito y Biología de Vectores

2007-04-16T08:46:00.000-04:00

Durante la quincena del 04-15 de septiembre de 2006 se llevó a cabo el curso "Interacciones Huésped-Parásito y Biología de Vectores".
Ducho curso fue designado para introducir a los estudiantes de postgrado el conocimiento actual sobre las interacciones huésped-parásito en las enfermedades transmitidas por vectores. Se enfocó en la biología celular de los parásitos, en los mecanismos genéticos e inmunológicos de sobrevivencia y en el diagnóstico del parásito. Los tópicos que se consideraron incluyeron mecanismos de invasión de la célula del huésped, repuestas inmunes innatas y adaptativas del huésped, estructura y expresión genómica del parásito y las interacciones vector-parásito. Se les dio considerable atención a las aplicaciones de herramientas de bioinformática y sistemas de información geográfica en este campo. Se enfatizó a los parásitos que causan problemas de salud en los países del Caribe. Por lo tanto el curso fue destinado a estudiantes de la cuenca del Caribe y América Central, y tuvo una duración de dos semanas de trabajo intensivo, juxtaponiendo conferencias diarias con prácticas de laboratorio tanto en español como en inglés. El curso usó las salas de conferencias, laboratorios, instalaciones computacionales y residencias del Instituto Venezolano de Investigaciones Científicas (IVIC) en Caracas.

La Cátedra Simón Bolívar 2006 en e-Ciencia tomó parte activa en la organización de este curso, sobre todo en la coordinación de las secciones de bioinformática (junto con CeCalCULA), sistemas de información geográfica (junto con la UCV) y en las ocho videoconferencias (junto con la Unidad de Computación del IVIC) que se impartieron. También Claudio Mendoza dictó el 15-09-06 la charla "e-Ciencia: buscando a Kepler".

Estructura del curso

Parasitismo y enfermedad
Patógenos y vectores
Enfoques moleculares para el entendimiento de la biología del parásito y de las interacciones huésped-parásito
Bioinformática y sistemas de información geográfica aplicados a enferemedades parasíticas

Comité Organizador

Ananías Escalante (ASU, USA. ananias.escalante@asu.edu)
Alexis Mendoza-León (IBE/UCV, Venezuela. amendozaleon@hotmail.com)
Claudio Mendoza (IVIC, Venezuela. claudio@ivic.ve)
Hilda A. Pérez (IVIC, Venezuela. hperez@ivic.ve)
José Luís Ramírez (IDEA/USB, Venezuela. jramirez@reacciun.ve)
Steven G. Reed (Corixa Corp./IDRI, USA, reed@corixa.com)
Félix J. Tapia (IB/UCV, Venezuela. felix.tapia@gmail.com)
Julio A. Urbina (IVIC, Venezuela. jurbina@imac.com)

Estudiantes participantes

Rocío Cardenas (Colombia. rocicardenas@gmail.com)
Melvin Challenger (Dominica. challengermelvin@hotmail.com)
Ester Durrego (Venezuela. escaduga@gmail.com)
Nilsa Elizabeth González (Venezuela. lizzybritez@yahoo.com)
Radha Gosein (Trinidad/Tobago. goseinra@carec.paho.org)
Laura María Grajeda (Guatemala. lmgrajeda@gmail.com)
Fabiola Adela León Miranda (Venezuela. fleon@ivic.ve)
Claudia Marisol Machuca (Venezuela. cmmr79@yahoo.com)
Carlos Enrique Muskus (Colombia. carmusk@yahoo.com)
Suemin Nathaniel-Girdharrie (Trinidad/Tobago. nathansu@carec.paho.org)
José Robinson Ramírez Pineda (Colombia. ramirezpineda@guajiros.udea.edu.co)
Jinnay Rodríguez Rodríguez (Cuba. jinnay@ipk.sld.cu)
Xenón Alberto Serrano Martín (Venezuela. xenon_serrano@hotmail.com)
Luis David Ureña (Panamá. urenal@si.edu)
José Ramón Vielma (Venezuela. joravig@yahoo.com)

Conferencistas

Roberto Barrera (CDC, Pto. Rico. amz9@cdc.gov)
Carmen Bracho (IVIC, Venezuela. cbracho@ivic.ve)
Maira Cabrera (IB/UCV, Venezuela. mairacab@gmail.com)
Nardy Diez (IDEA, Venezuela. ndiez@idea.org.ve)
Dora Feliciangeli (UC, Venezuela. mdora@movistar.net.ve)
Iván Galindo (IDEA, Venezuela. igalindo@idea.gob.ve)
María Eugenia Grillet (UCV, Venezuela. mgrillet@ciens.ucv.ve)
Renato Gusmao (PAHO. gusmaore@ven.ops-oms.org)
Juan Martínez (UCV, Venezuela. juaneudes22@yahoo.com)
Alexis Mendoza-León (IBE/UCV, Venezuela. amendoza50@gmail.com)
Claudio Mendoza (IVIC y Cátedra Simón Bolívar, Venezuela. claudio@ivic.ve)
Walter Mosca (UCV, Venezuela. wmosca@gmail.com)
Hilda A. Pérez (IVIC, Venezuela. hperez@ivic.ve)
José Luis Ramírez (IDEA, Venezuela. jramirez@reacciun.ve)
Steven G. Reed (Corixa Corp/IDRI, USA. reed@corixa.com)
Noris Rodríguez(IB/UCV, Venezuela. nrodri@movistar.net.ve)
Ascanio Rojas (IVIC, Venezuela. ascrojas@ivic.ve)
José David Rosales (CeCalCULA, Venezuela. joser@cecalc.ula.ve)
Martín Sánchez (IB/UCV, Venezuela. martinsanchez1@gmail.com)
José V. Scorza (ULA, Venezuela. jvscorz@yahoo.com)
Félix J. Tapia (IB/UCV, Venezuela. felix.tapia@gmail.com)
Jaime Torres (UCV, Venezuela. jaimerafael.torres@gmail.com)

Videoconferencias

Edmundo Calva (ASM/UNAM, México. ecalva@ibt.unam.mx)
Rita Colwell (UMIACS, USA. rcolwell@umiacs.umd.edu)
Ananías Escalante (ASU, USA. ananias.escalante@asu.edu)
Stephen L. Hoffman (Sanaria Inc, USA. Mhenry@sanaria.com)
Fotis Kafatos (Imperial College, UK. d.h.green@imperial.ac.uk)
Tim Palmer (ECMWF, UK. Tim.Palmer@ecmwf.int)
David Roos (UPenn, USA. droos@sas.upenn.edu)
Julio A. Urbina (IVIC, Venezuela. jurbina@imac.com)

Patrocinantes

American Society for Microbiology
Cátedra Simón Bolívar 2006 en e-Ciencia
Instituto Venezolano de Investigaciones Científicas (IVIC)
Centro Nacional de Cálculo Científico Universidad de Los Andes (CeCalCULA)
Pan American Health Organization
Fundación Instituto de Estudios Avanzados (IDEA)
Universidad Central de Venezuela

Charla sobre e-Ciencia en la UNET, San Cristóbal

2007-04-16T08:32:00.000-04:00

Como parte de la Cátedra Simón Bolívar sobre e-Ciencia, se dictó en la Universidad Nacional Experimental del Táchira (UNET), San Critóbal, Edo. Táchira, el jueves 01/06/2006 la conferencia "e-Ciencia". En este evento participaron tanto profesores como estudiantes de dicha universidad.

II Taller Latinoamericano de Computación Grid

2006-05-15T16:57:00.000-04:00

Durante la semana del 24-29 de abril del 2006, se llevó a cabo en la Facultad de Ingeniería, Universidad de Los Andes, La Hechicera, Mérida, el II Taller Latinoamericano de Computación Grid, el I Taller Latinoamericano de EELA y el I Tutorial Latinoamericano de EELA. Estos talleres contaron con 21 expositores internacionales, 66 participantes de toda Latinoamérica y el apoyo de varias instituciones incluyendo la Cátedra Simón Bolívar de la Fundación Venezolana de Promoción del Investigador (FVPI). El propósito fundamental de este evento fue mostrar el impacto de las tecnologías grid en la e-ciencia, los avances que han tenido los grids computacionales y su vinculación con diferentes áreas como el almacenamiento de datos, la visualización científica y la colaboración a distancia. El programa de actividades duró una semana (6 días, de lunes a sábado). El primer día se plantearon una serie de conferencias sobre los proyectos y experiencias tanto en EEUU como Europa. Las conferencias el segundo y tercer día se dedicaron a las aplicaciones y al desarrollo de aplicaciones en ambientes de Grid. El cuarto día cubrió las herramientas para manejar enormes volúmenes de datos. El último día se centró en cómo los Grid están afectando la colaboración entre los grupos de investigación, las formas de generación de conocimiento, y cómo están impactando la visualización e imagenología científica.

Expositores

Giuseppe Andronico, INFN, Italia, giusseppe.andronico@ct.infn.it
Gabriel Aparicio Pla, UPV, España, gabappla@gmail.com
Roberto Barbera, INFN, Italia, roberto.barbera@ct.infn.it
John Boisseau, TACC, EEUU, boisseau@tacc.utexas.edu
Tonny Calanducci, INFN, Italia, tony.calanducci@ct.infn.it
Yudith Cardinale, USB, Venezuela, yudith@ldc.usb.ve
Claudio Cherubino, INFN, Italia, claudio.cherubino@ct.infn.it
Juan González, IVIC, Venezuela, jugonzal@ivic.ve
Vanessa Hamar, CeCalCULA, Venezuela,,vanessa@ula.ve
Emilio Hernández, USB, Venezuela, emilio@usb.ve
Marcia Inger, TACC, EEUU, minger@tacc.utexas.edu
Raúl Isea, CeCalCULA, Venezuela, risea@cecalc.ula.ve
Gregory Johnson, TACC, EEUU, johnson@tacc.utexas.edu
Guilles Mathieu, IN2P3/CNRS, Francia, gilles.mathieu@in2p3.fr
Claudio Mendoza, IVIC, Venezuela, claudio@ivic.ve
Gonzalo Merino, PIC, España, merino@ifae.es
Yubiryn Ramírez, CeCalCULA, Venezuela, yubiryn@ula.ve
Luis Rodríguez, IVIC, Venezuela, lsrodriguezt@gmail.com
Freddy Rojas, CeCalCULA, Venezuela, rfreddy@ula.ve
Warren Smith, TACC, EEUU, wsmith@tacc.utexas.edu
Maylett Uzcátegui, CeCalCULA, Venezuela, maylett@cecalc.ula.ve

Participantes

Francisco J. Acosta Ochoa, Venezuela
Jesús Aguilar, Venezuela, jota82@cantv.net
Longendri Aguilera, Cuba, loge@uci.cu
Alejandro Alvarado, Venezuela, aalvarado@imf.ing.ucv.ve
César Arismendi, Venezuela, cesararismendi@gmail.com
Iván Bernal, Ecuador, bernal_carrillo@hotmail.com
Jesús Campos, Venezuela, jcampos@upel.edu.ve
Wilson Castaño, Colombia, wcguis@yahoo.com
Martín Alonso Castillo, Colombia, ingmac11@gmail.com
Juan Luis Chaves, Venezuela, juanluis@cecalc.ula.ve
Giancarlo Colmenares, Venezuela, giancarlo.cs@gmail.com
Einar Coutín, Venezuela, einarc@cecalc.ula.ve
Violetta D'Addario, Venezuela, violetta@usb.ve
Rafael Dávila, Venezuela, rdavila@funvisis.gob.ve
Gilberto Díaz, Venezuela, gilberto@ula.ve
Carlos Figueira,Venezuela, figueira@usb.ve
Eric Gamess, Venezuela, egamess@kuaimare.ciens.ucv.ve
André Gerhard, Brasil, agerhard@usp.br
Anibal Ghanem, Venezuela, anghanem@yahoo.es
Iliana C. Gómez Z., Mexico, iliana@cencar.udg.mx
Leonardo González, Venezuela, Leonardo_G@hotmail.com
Herling González A., Colombia, herling@tux.uis.edu.co
Alejandro González García, Cuba, alex@cubaenergia.cu
Juan A. González P., Venezuela, jugonzal@ivic.ve
Christian Grunfeld, Argentina, cmg@fisica.unlp.edu.ar
Glemarys Hernández, Venezuela, glemarys@cnti.gob.ve
Alvaro Hernández, Venezuela, horence@gmail.com
Roel José Herrera Palacios, Venezuela,
Diana Hortua, Colombia, dianahortua@gmail.com
Yoel Jeréz, Venezuela, jjerez@cnti.gob.ve
Stephanie Klarica, Venezuela, klarica@ula.ve
Luis G. León, Venezuela, luisgleon@gmail.com
Rafael León, Venezuela, leonza99@gmail.com
Luis A. Maldonado, Venezuela, luissm@cantv.net
Amador Marín, Venezuela, progr_amador84@yahoo.es
Reynaldo Mayol, Venezuela, mayol@ula.ve
Zulay Virginia Méndez Pérez, Venezuela,
Erick Meneses, Colombia, erickmeneses@gmail.com
Laudin A. Molina, Venezuela, laudin.molina@gmail.com
Henry Ricardo Mora, Cuba, ricardo@cubaenergia.cu
Diana Morales A., Venezuela, anaidlu83@gmail.com
Noel Moreno Lemus, Cuba, noel@uci.cu
Juan Morocho, Ecuador, jcmorocho@utpl.edu.ec
Ricardo H. Nonaka, Brasil, nonaka@usp.br
Martijn Oldenhof, Venezuela, martijn.oldenhof@gmail.com
Lilibeth Orjuela, Venezuela, lorjuela@unet.edu.ve
Marielisa Peralta, Ecuador, mpvalarezo@utpl.edu.ec
Rafael J. Pérez S., Venezuela, rpsantos@unet.edu.ve
Demetrio Rey, Venezuela, drey@uc.edu.ve
Javier E. Rivero, Venezuela, jrivero@idea.gob.ve
Emely Rodríguez, Venezuela, erg242@hotmail.com
Henry Rodríguez, Venezuela, hajrodrigue@gmail.com
Luis S. Rodríguez T., Venezuela, lsrodriguezt@gmail.com
Carlos D. Rosado, Colombia, carlos.rosado@yahoo.es
Nicolás Ruíz, Venezuela, nicolas@ula.ve
Mayerling Sánchez, Venezuela, mayerling@gmail.com
Yosandra Sandoval, Venezuela, yosandra@cesma.usb.ve
Nelson Segueri Altuve, Venezuela, nelsonsegueri@hotmail.com
Juan F. Serrano, Venezuela, jfserranom@kuaimare.ciens.ucv.ve
Elizabeth Sierraalta, Venezuela, esierralta@cnti.gob.ve
José D. Texier, Venezuela, jtexier@unet.edu.ve
Rossana Timaure, Venezuela, rttg@unet.edu.ve
Edgar Vásquez, Venezuela, evasquez@unet.edu.ve
Edistio Verdecia M., Cuba, edistioyoel@gmail.com
Nelson T. Yunaka, Brasil, yunakaof@usp.br
Matías Zabaljáuregui, Argentina, matiasz@info.unlp.edu.ar

Taller de Herramientas para Análisis de Secuencias

2006-04-03T10:07:00.000-04:00

Con el apoyo de la Cátedra Simón Bolívar y CeCalCULA, se llevó a cabo entre el 26-31 de marzo en la Universidad de Los Andes el "Taller de Herramientas para Análisis de Secuencias". Este taller fue dictado por los profesores Ascanio Rojas y José David Rosales, y contó con la participación de los siguientes estudiantes:

Mayrí Díaz, Instituto de Biología Experimental, UCV, mayriale@yahoo.com
Carolina Cortés, Instituto de Biología Experimental, UCV, paranoia_16@hotmail.com
Lourdes Arteaga, UE Nuestra Sra. de Lourdes II, abraarte@yahoo.com
Marlene Salazar, Instituto de Altos Estudios en Salud Dr. Arnoldo Gabaldón, marlenenesalazarcorredor@yahoo.com
Rafael Puche, Instituto de Investigaciones Biológicas, LUZ, rpucheq@gmail.com
Yurasí Briceño, Universidad del Zulia, yurabri01@yahoo.es
Mailis Maes, Instituto de Biomedicina, mailis_maes@gmail.com
Adriana D'Alessandro, Instituto de Biomedicina, adrianamdh@hotmail.com
Victoria Sánchez, La Universidad del Zulia, sanchezvic@gmail.com
Mónica García Petit, La Universidad del Zulia, mogapetit27@yahoo.com
Eliana Nohemí Márquez, Universidad de Los Andes, elianams@ula.ve
Leia Shuhaibar, La Universidad del Zulia, leiashuhaibar@yahoo.com
Germán González M., Universidad de Carabobo & IVIC, germangm@cantv.net
María Victoria Otaiza, Universidad de Carabobo, mv_otaiza@hotmail.com
Dayana C. Araujo R., Universidad de Carabobo, dayanacaraujo@yahoo.com
Elvira Sánchez, Universidad de Carabobo, arivell@hotmail.com

Instituciones participantes

2006-03-29T15:29:00.000-04:00

CeCalCULA
El Centro Nacional de Cálculo Científico Universidad de Los Andes (CeCalCULA) es el Laboratorio Nacional para la Experimentación en Ciencias e Ingenierías Computacionales. Se constituye para desarrollar servicios y entrenamiento de personal en Ciencias e Ingenierías Computacionales, así como también aplicaciones a todas las áreas. Ha sido desarrollado a través de un esfuerzo mancomunado entre la Universidad de Los Andes, Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Tecnológicas (CONICIT, ahora FONACIT), y la Corporación Parque Tecnológico de Mérida (CPTM), con la estrecha cooperación de la IBM de Venezuela, Sun Microsystem, y Silicon Graphics. Es el primero de una red nacional de centros de servicios descentralizados de valor agregado, que buscan concentrar esfuerzos y recursos (financieros, equipos y humanos), racionalizando su uso y permitiendo estándares computacionales internacionales bajo las condiciones nacionales de crisis crónicas. CeCalCULA provee facilidades de computación de alto rendimiento (equipamiento, aplicaciones y consultoría) que no podrían ser financiadas por universidades y centros de investigación en forma independiente. Adicionalmente, cohesiona y apoya proyectos de investigación y desarrollo transdisciplinarios que requieran la utilización intensiva del computador como herramienta.

CEMVICC
El Centro Multidisciplinario de Visualización y Cómputo Científico de la Universidad de Carabobo (CEMVICC) fue aprobado por el Consejo Universitario de la Universidad de Carabobo el 18 de marzo del 2005. Trabaja para formar investigadores éticos, íntegros, analíticos y críticos que aporten soluciones tecnológicas eficaces a problemas mediante la investigación científica y aplicada, el soporte a cursos de pre- y post-grado y el trabajo inter, multidisciplinario e interinstitucional. Conforman un equipo que trabaja con integridad y compromiso en la búsqueda de soluciones a problemas científicos y tecnológicos que requieran cómputo de alto rendimiento, visualización de datos y/o la construcción de modelos matemáticos.

Laboratorio de Inmunoparasitología
El Laboratorio de Inmunoparasitología del Centro de Microbiología y Biología Celular del IVIC se aboca al estudio del paludismo por Plasmodium vivax y a la esquistosomiasis mansoni. Las investigaciones atañen a la biología de estos parásitos y su interacción con el huésped humano y sus vectores respectivos, moquitos (Anopheles) y caracoles (Biomphalaria); también al desarrollo y mejoramiento de nuevos métodos para el diagnóstico y vigilancia epidemiológica de estas enfermedades en el área endémica de Venezuela y al estudio de moléculas de P. vivax y S.mansoni con potencial en la vacunación contra estos parásitos. La asociación de la Cátedra Simón Bolívar de e-Ciencia con este Laboratorio, específicamente en el área de bioinformática, se llevará a cabo en el contexto de un curso Internacional de Parasitología Avanzada planificado para las semanas del 24 de julio al 4 de agosto del 2006, y está destinado a investigadores y personal de salud pública de América Central y del área del Caribe.

Programa de la Cátedra de e-Ciencia 2006

2006-03-29T15:23:00.000-04:00

Fundación Venezolana de Promoción del Investigador
Cátedra Simón Bolívar 2006 en e-Ciencia
Claudio Mendoza (IVIC)

Actividades programadas

1. Taller de herramientas de análisis de secuencias
Universidad de Los Andes
Mérida, 27-31 marzo 2006

2. II Taller latinoamericano de computación grid
Universidad de Los Andes
Mérida, 24-28 abril 2006

3. Curso sobre tecnología de clusters
Universidad de Carabobo
Valencia, 13-16 de junio 2006

4. Taller de herramientas de análisis de secuencias
Universidad de Los Andes
Mérida, 4-8 septiembre 2006

5. Basic course on host-parasite interactions and
vector biology (seccion de bioinformatica/SIG)
IVIC
Caracas, 3-15 de septiembre 2006

6. Taller de herramientas de análisis de secuencias
Universidad de Carabobo
Valencia, 7-10 de noviembre 2006

7. Se planifican conferencias magistrales sobre e-Ciencia
en: UNET (San Cristóbal), UDO (Cumana), LUZ (Maracaibo),
UNEXPO/UNEG (Puerto Ordaz)

¿Qué es e-Ciencia?

2006-03-29T11:01:00.000-04:00

La e-Ciencia se refiere a proyectos científicos de gran escala que se llevan a cabo por medio de colaboraciones locales, nacionales y globales distribuidas sobre la Internet. Por lo general involucran equipos de computación de alto rendimiento, capacidad para acceder y manejar grandes volúmenes de datos y visualización sofisticada. La implementación de una infraestructura adecuada de e-Ciencia va a permitir, por ejemplo, la utilización remota de poderosas instalaciones científicas a nivel mundial que el país no posee actualmente y para las cuales no tiene en realidad la capacidad de inversión; por ejemplo, sincrotones, telescopios, láseres y satélites. Por otra parte, la mayoría de los proyectos contemporáneos en salud, biomedicina, ambiente, petróleo, ingeniería civil, astronomía, física de altas energías, entre otros, hacen uso intensivo y distribuido de datos, lo que implica el desarrollo de ambientes y herramientas de tecnología avanzada para recolectar, integrar, compartir, minar, analizar y visualizar tales datos. Más aún, el ejercicio profesional en cualquier área pronto va a tener la necesidad de hacer uso referencial de bases de datos voluminosas lo que eventualmente implicaría la masificación de los instrumentos de e-Ciencia.